在普通機床上加工零件時，都是利用工藝規程或卡片來規定每道工序的操作程序，對于自動化、數控化鉆孔機來說，只需進行編寫程序與調試機器即可，把被加工的全部工藝過程、工藝參數和位移數據編制的程序，實現數字信息的形式記錄在控制介質，用它控制機床加工。
數控鉆孔機在加工工藝與普通機床加工工藝上原則上基本相同，但數控鉆孔機的加工整個過程是自動進行的，因而又有其特點：數控加工的工序內容比普通機床的工序加工要復雜的多，價格也相對貴一些，在加工簡單工序在經濟上不合算，通常安排比較復雜的工序，甚至是普通機床上難以加工的工序，在考慮成本與實際工件的需求進行購置數控化的鉆孔機。再就是數控化的鉆孔機需要編制程序，復雜程度與普通機床沒法做比較。比如：對刀點、換刀點及走刀線路的確定等問題，在數控加工鉆孔機的加工工藝時不能忽略的。在選擇適合在數控鉆孔機上的零件加工，確定工序內容厚進行加工操作。
鉆孔機的加工工藝特點主要是編程復雜、操作簡單、售價較高，這樣節約了人工成本與時間，相對于價格偏貴來說相對于劃算不少。